Le club est né le 25 juin 1985 de la fusion de deux pensionnaires de Varembé, mais son histoire et ses racines remontent à bien plus loin. En effet, le Club Athlétique Genevois (CAG) avait été créé à la fin du siècle dernier et le FC Regina date lui, de 1916. Les débuts on été un peu turbulent, car avant même sa création, une première assemblée du CAG avait refusé de lier sa destinée à celle de Regina, au grand dam du président Marc Truan.

Ce n'est que partie remise, un an plus tard, l'idée de fusion est acceptée. CAG fourni, entre autres, une bonne section de juniors et Regina, club composé uniquement d'actifs, met à dispositon une solide équipe de 3e ligue et le président, Jean Champetier, boss du défunt Regina depuis 1982. On comptait également la présence, en tant que membre d'honneur, de l'ex-président central de l'ACGF, Pierre-André Châtelat, ancien arbitre du CAG dès 1963.

Malgré tout, l'apprentissage est plus délicat que prévu. A l'issue de sa deuxième saison (86-87), l'ARFC commet un faux pas, à vrai dire le seul de son épopée. Une relégation en 4e ligue vient en effet entraver sa marche. Mais au comité, pas question de se laisser aller à la morosité! D'ailleurs, signe avant coureur, une promotion pour l'équipe des juniors C laisse entrevoir des lendemains prometteurs.Et l'ARFC va rebondir au-delà de ses espérances.

L'exercice 87-88 est ponctué par un brillant retour en 3e ligue, assorti du titre de champion genevois de 4e ligue, à peine terni par la relégation de la "deux" en 5e ligue. Du côté des juniors, tout marche pour le mieux. Mais le plus beaux est à venir.

Alors que la "deux" retrouve sa place en 4e ligue à l'issue de la saison 89-90, la première équipe manque de justesse l'ascension en 2e ligue pendant la saison 93-94. Ce n'est que partie remise... Un an plus tard, en juin 1995, l'ARFC souffle ses dix bougies de façon magistrale.

Promotion en 2e ligue, titre de champion genevois de 3e ligue, première participation à la Coupe Suisse promise pour l'année suivante, le tout agrémenté de l'insertion de plusieurs juniors dans l'équipe fanion, selon la politique préétablie par le club lors de sa constitution!

Le président Jean Champetier et son comité de l'époque arborent de très larges sourires, et il y a vraiment de quoi! Aujourd'hui, le FC Athlétique-Regina a assis sa place dans la plus haute catégorie du football cantonal. Bon an mal an, ses deux premières saisons de 2e ligue se sont soldées par des résultats probants et, toujours, la montée de quelques juniors dans l'effectif de la première équipe.

A cela, il faut ajouter une nouvelle satisfaction: la promotion de la seconde garniture en 3e ligue, au terme du championnat 96-97.

Enfin, cerise sur le gâteau, une finale de Coupe genevoise - encore une première pour le club - disputée contre le FC Vernier (et malheureusement perdue aux penalties) sur la prestigieuse pelouse des Charmilles, en lever de rideau d'un match du Servette FC! La saison 99 - 00 est sans conteste marquée par le départ du président des premiers jours, Jean Champetier.

Après 15 années à la tête de l'Athlétique-Regina FC, "Jeannot" a laissé la place à un nouveau comité.

La saison suivante c'est Christian Reist qui prend la relève mais seulement pour une courte période avant l'arrivée de Nabila Mezzanotte. Première femme présidente d'un club genevois, elle a su s'imposer grace à son caractère et son charisme. Il n'était pas facile d'entrer dans ce milieu presque exclusivement masculin, mais le travail et les résultats ont payés, et elle a su gagné le respect de ses pairs au sein du football genevois. Durant cette présidence la section des actifs a connus les meilleures résultats de son histoire, avec la deuxième ligue qui frôla a différentes reprises avec la promotion en deuxième ligue interregionale, et une deuxième équipe en troisième ligue.

Après sept ans de présidence et un bilan plus que positif, Nabila Mezzanotte a décider de laisser la présidence à la fin de la saison 06-07. Le poste était destiné au vice-président de l'époque, Pietro Izzo, mais par différents concours de circonstances, ce dernier décida de passer le temoin. C'est désormais Antonio Celetta qui a pris la tête du club. Avec un nouveau comité composé de personnes attachées au club depuis de nombreuses années, ils donnent au club un nouvel élan et une nouvelle dynamique pour perpetuer la vocation première de ce club, la formation des jeunes.